A área de Pós-Graduação da UFRJ é subordinada à PR-2 (Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa) responsável pela formulação, coordenação e supervisão das normas para o funcionamento dos cursos. No âmbito da Decania do CCJE, as articulações com a PR-2 são realizadas por duas coordenações distintas: Coordenação de Pós-Graduação e Coordenação de Pesquisa e Extensão.


O Pró-Reitor de Pós-Graduação e Pesquisa preside o CEPG, Conselho de Ensino para Graduados, órgão deliberativo da estrutura superior da UFRJ que estabelece as diretrizes didáticas e pedagógicas dos cursos de pós-graduação. O CEPG é composto por membros eleitos em cada um dos Centros Universitários.


O Coordenador de Pós-Graduação do CCJE, Carlos Eduardo Martins, dirige a Comissão de Pós-Graduação e Pesquisa do centro, conhecida como CEPGuinho. Instância hierárquica intermediária entre o CEPG e os programas de pós-graduação das unidades e órgãos, o CEPGuinho tem, entre as atribuições que lhe são delegadas pelo CEPG, a de avaliar os cursos de pós-graduação strito sensu e latu sensu das unidades que compõem o CCJE e solicitar autorização para novos programas e cursos. Cabe à Coordenação de Pós-Graduação preparar avaliações e pareceres sobre programas e cursos, a serem encaminhados ao CEPG depois de submetidos à aprovação do CEPGuinho.

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